メタン発酵槽は円筒状であり、円環内部円筒部は酸化槽60m3（20m3／日×3日分）とし、熱交換部を内蔵し、酸化槽内は液循環を形成します。
メタン発酵部には円環ダクトがあり、循環ポンプにより円環内を循環し、発酵槽内のふん尿は加温器により35～40℃を保持しつつ上昇流となり、発酵槽内液面上部より嫌気性発酵（ガスは流出し、メタンガスCH₄60％炭酸ガスCO₂40％、硫化水素H₂S3000ppmを含有しています。）発酵ガスは生物脱硫塔よりケミカル脱硫塔を経て、ガスエンジン発電機に供給されます。
生物脱硫では3000ppmより200ppm程度まで脱硫し、ケミカル脱硫にて、H2Sはエンジン発電機では20ppm程度まで、燃料電池発電では1～0.5ppmまで深部脱硫します。

バイオ発酵ガスにおいて燐化合物（PH₃）などが含有する場合もあり、燃料電池利用においては、その除去も必要となります。