ガスエンジン、ガスタービンに供給するときは硫化水素濃度を20ppm程度までに、また燃料電池においては1ppm以下を要求されます。
当社では、ガスエンジン、ガスタービン用には上図による生物脱硫と酸化剤利用のケミカル脱硫の組合せによるものとし、固体高分子型燃料電池用には生物脱硫と酸化金属による深部脱硫を併用するものとしています。そのプロセスを下図に示します。
燃料電池（PEFC）にバイオガスを供給する場合、バイオガス中のメタンガスを水蒸気改質して、水素（Ｈ₂）と二酸化炭素（CO₂）にします。その場合、一酸化炭素（CO）、バイオガス中の硫化水素（H₂S）を含有していると、燃料電池電極触媒を被毒し蓄電池機能を劣化させますので、COシフト反応、CO選択燃焼を付加します。